Magento jest potężnym silnikiem zorientowanym obiektowo. I jak na taki kombajn przystało ma swoją strukturę:
app // główny folder z modułami, tłumaczeniami i szablonami
--| code // folder z modułami
----| community // moduły zaciągnięte ze stron prywatnych firm
----| core // główne moduły magento
----| local // nasze własne moduły oraz rozszerzenia core
--| design // szablony
--| locale // tłumaczenia
--| etc // pliki konfiguracyjne
js // biblioteki js
media // uploadowane pliki dla produktów, kategorii oraz te wgrywane przez edytor
lib // biblioteki zewnętrzne m.in. Zend Framework i Varien
skin // pliki szablonów takie jak css czy obrazki
var // tutaj znajdziemy cache, raporty i logi błędów, pliki sesji etc.
